Vamos por partes, primero hay que definir que es lo que se desea primero.
Si lo que se desea es que se le extienda un pasaporte al menor, partamos que uno salvadoreño no se le puede extender en estos momentos pues no tiene partida de nacimiento salvadoreña, lo que se podría hacer es ir a la embajada de guatemala a tramitar el pasaporte guatemalteco del menor pues nació allá, se deberá llevar la partida de nacimiento guatemalteca, acompañado de su madre quien deberá presentar su documento de identidad vigente, ya con eso el podrá salir junto con su madre de regreso a guatemala pues probará que son originarios de ese país.
Que si el padre puede reconocerlo? perfectamente, ya sea por medio de una escritura pública de reconocimiento voluntario o por medio de un apoderado que otorgue en su nombre ese acto; ahora bien no teniendo partida de nacimiento salvadoreña, el reconocimiento debe ir dirigido al pais guatemalteco, siendo asi debera otorgarse el instrumento publico deberá otorgarse o ante consul guatemalteco o ante notario guatemalteco;
Que si se puede asentar el nacimiento del menor guatemalteco por ser hijo de madre salvadoreña? Si, abonando más a lo que expresó el colega URANO, lo que debe hacer es proceder a inscribir su nacimiento en la Alcaldía de San Salvador, tal como lo dispone el art. 189 del C.Fam. Entonces debes tener la certificación de la partida guatemalteca del menor , con la auténtica del ministerio de relaciones exteriores guatemalteco, la certificación de partida de nacimiento de la madre, debes presentar la constancia de no inscripción de ese asiento de la alcaldía de san salvador, la constancia del rnpn de que ese asiento tampoco se encuentra en su base de datos, un documento de identidad de la señora; y la señora debe otorgarte un poder general judicial con clausula especial, o un especial para hacer todo el trámite a la alcaldia y ante el ministerio de relaciones exteriores, con dos copias de todo, luego con todo eso lo llevas al ministerio de relaciones exteriores salvadoreño, ahi ellos luego te extenderán una constancia que no aparece el registro de ese nacimiento en su base de datos, y remiten un oficio que se te entrega a ti, en el que solicitan al registro del estado familiar de la alcaldia de san salvador, realice a su decisión la inscripción del asiento del nacimiento del menor x, luego llevas toda la documentación y el oficio a la alcaldía y esperas a que te extiendan la certificación de partida de nacimiento.
Finalmente ya con la certificación de partida de nacimiento, puedes intentar un reconocimiento voluntario de hijo para que surta efectos en El Salvador, o simplemente cuando llegues a la alcaldia a dejar la documentación, solicitar de una sola vez que se de cumplimiento a la ley del nombre de la persona natural, es decir que el menor deberá llevar los dos apellidos de la madre, o si solo tiene uno, que se le consigne uno de sus ascendientes maternos, ejemplo si es FLORES, será FLORES FLORES, porque FLORES es el apellido de la abuela (presentar certificacion de partida de nacimiento de la abuela); porque sino te tocaría hacer esto último via rectificación conforme a lo dispuesto en el art. 17 de la ley transitoria del registro del estado familiar, presentando una solicitud.
Espero haberme dado a entender.
ESTADO FAMILIAR ADQUIRIDO EN EL EXTRANJERO
Art. 189.- Los matrimonios celebrados en países extranjeros ante los Jefes de Misión Diplomática Permanente y Cónsules de Carrera, así como el régimen patrimonial del matrimonio, se inscribirán en el Registro Central del Estado Familiar.
Los matrimonios de nacionales celebrados en el extranjero ante funcionarios distintos de los mencionados en el inciso anterior, así como los nacimientos y defunciones de salvadoreños ocurridos en el extranjero, deberán registrarse en el Consulado de El Salvador que corresponda, con base en los documentos legales expedidos por las autoridades competentes del respectivo país, dejándose constancia precisa de los documentos en el asiento que al efecto se verifique en la sede consular, procediéndose en lo demás conforme se dispone en la Ley Orgánica del Servicio Consular de la República de El Salvador.
Si no se hubieren hecho las inscripciones a que se refiere el inciso anterior, los documentos acreditantes procedentes del extranjero, podrán presentarse directamente para su inscripción en la oficina del Registro Central del Estado Familiar, siempre que se encuentren debidamente autenticados, y en su caso traducidos al castellano.