Estimado amigo el Art. 23 de la Ley del NOmbre de la Persona Natural regula el cambio de nombre y tal como tu expones el caso no seria posible, salvo que cuando fueron asentarle la partida de nacimiento hubo error, hay que valorar otras cisrcunstacias para poder darte una major asesoria por que asi como tu lo has planteado no procede
Debido a que el caso no se adecua a ninguna de las causales del Art. 11 de la Ley del Nombre, mi consejo es que comience a usar el nombre que desea usar en algunos documentos legales, por ejemplo en el colegio, para que tenga certificados con ese nombre, una ves, hecho esto que siga diligencias de Identidad donde diga que Juan Jose y pedro Jose son la misma persona.
Suerte.
"Tu deber es luchar por el derecho; pero el día en que encuentres en conflicto el derecho con la justicia, lucha por la justicia".